“本硕连读容易让学生学习缺乏有效激励，产生厌倦感！”在4月14日~16日举行的全国研究生院院长联席会2006年度全体会议上，“本硕博连读弊端明显”成了与会者谈论的话题之一。来自北京大学、清华大学等全国56所高校的研究生院院长和专家在扬州大学发出共同呼吁：必须加大我国研究生教育制度的改革力度，努力推进创新性人才的选拔和培养进程。
“本硕博连读是不是最好的人才培养机制还值得探讨”，上海交通大学研究生院常务副院长杜朝辉指出，那些好的专业，适应经济发展为社会急需的专业，本科生一般不愿意本硕连读或硕博连读，而长线专业或基础专业本硕博连读的学生会很多，而这并不一定都是学校最优秀的学生。因此，这一培养机制有可能不能选拔到最优秀的人才。山东大学研究生院常务副院长刘树伟说，最优秀的学生一般都不愿意在本校进行推优，所以他们学校的办法是拿出8％的计划调剂外校生源。
清华大学研究生院常务副院长陈皓明也认为，本硕连读会让学生进取心丧失，导致考试不及格率上升。同时，由于少了毕业论文的撰写、修改和答辩，缺少专门的写作训练，会使硕士阶段的论文质量下降。“人才培养要服从人才成长的内在规律，这样的做法对学风建设没有好处，学生培养和训练也缺乏应有的环境，不宜采用”。
“硕博连读在硕士一年级就决定不太科学，学生的学术能力需要两年左右才能看出来”，西安电子科技大学研究生院常务副院长姬红兵建议，“连读最好改在硕士阶段毕业前申请”。
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