新的温州大学由原温州师范学院和原温州大学组建而成。其中，温州师范学院创建于1956年，为当时浙南工区的第一所高校，原温州大学成立于1984年，是以社会各界捐资的“温州模式”建立起来的温州第一所工程技术和经济管理为主的综合性高校。

　　2003年8月，省教育厅通过了两校合并组建新温大的可行性论证报告。2004年5月，教育部发函同意两校合并，筹建新的温州大学，筹建期一年。2005年12月，全国高校设置评议委员会高票通过同意正式建立温州大学。

　　据悉，新组建的温州大学有本科专业42个，汉语言文学、数学与应用数学、英语等三个本科专业进入重点线招生，有硕士点20个。据初步规划，到2010年，温州大学本科专业将达到60个，其中有12个专业入选省部级重点及特色专业，硕士点将达到35个。