南开大学台湾经济研究所成立于1986年，是祖国大陆高校最早成立的涉台学术研究机构之一，也是祖国大陆最早具有培养台湾经济方向硕士、博士研究生资格的高级人才培养基地。自成立以来，该所秉承南开学术自由之风，以促进海峡两岸经贸与学术交流、推动祖国和平统一为宗旨，对台湾经济、两岸经贸关系和两岸经济比较等领域进行了深入、系统的研究，多次承担国家及省、部级课题，研究成果颇受海峡两岸各界重视，成为两岸经贸研究领域的学术重镇，是中央有关部门的重要咨询机构之一，并连续五次参加国共论坛，推动了两岸关系的改善。