农业部沼气科学研究所1979年经国务院批准成立，直属中国农业科学院领导。1981年中国政府与联合国开发计划署签订协议在我所成立了“中国成都亚太区域沼气研究与培训中心”，简称BRTC（Asian-Pacific Biogas Research & Training Center）。目前研究所已发展成为集研究、技术开发、工程设计和培训为一体的、我国沼气领域唯一的国家级科研机构。沼气所技术力量雄厚，现有在职职工94人，其中研究员7人、副研究员和高级工程师25人。研究所设有微生物研究中心、沼气工程研究中心、培训与信息研究中心、农村能源研究中心、农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心、产品开发与服务中心。
兴办的科技企业有：能源环境工程设计所和成都环能国际合作公司。1990年，沼气所经农业部批准设立农业部厌氧微生物重点开放实验室。2003年起，沼气所开始招收微生物学、环境工程和农业生物环境与能源工程三个专业硕士研究生，目前已经招收硕士研究生21名。编辑出版有学术性刊物《中国沼气》。
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