东南大学物理系起源于三江师范学堂于1904年设立的格致科，先后更名为理化科、理化数学部、数学理化部等。1920年，南京高等师范学校时期的数学理化部与国文史地部合并为文理科，下设物理系等8个系。1952年全国院系调整，南京工学院设立物理教研组，物理系从此中断。直到1983年重建理化系，1988年成立物理系。在物理系发展的百余年历史长河中，涌现出了吴健雄、李国鼎、严济慈等著名学者。
物理系现设有物理学教研室、应用物理教研室、光信息科学与技术教研室、大学物理教研室、物理实验教研室等5个教学科研单位。全系现有教职工87人，其中专任教师59人，实验人员20人，机关人员8人。专任教师中有教授17人（其中博士生导师10人），副教授19人，教师的博士学位比例达76%。本系现有教育部课程教学指导委员会委员1人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者3人，江苏省333人才培养工程入选者2人，江苏省六大人才高峰支持计划入选者3人，江苏省青蓝工程支持计划入选者3人，东南大学优秀青年教师教学科研资助计划入选者6人。
物理系现有“凝聚态物理”博士点、“物理学”一级学科硕士点、及“课程与教学论”硕士点。本系每年招收的博士研究生约10人、硕士研究生约30人。科研方向主要包括凝聚态理论、计算物理、非线性物理、原子核理论、粒子物理、量子光学、非线性光学、功能材料物理、纳米结构物理、光子材料物理等。现有计算物理实验室、材料物理实验室、光电物理实验室等3个科研基地。目前承担国家级和部省级科研项目20余项，近5年来在国际一流学术期刊上发表高水平学术论文近100篇，与兄弟院校合作获得了国家自然科学二等奖、中国高校科学技术一等奖各1项。
物理系现设有“物理学”、“应用物理”、“光信息科学与技术”等3个本科专业，每年招收本科生90人。3个本科专业采用宽口径培养模式，注重培养学生扎实的数学物理基础和良好的实践动手能力，着重加强创新能力的培养。近三年，有超过40%的毕业生考取了中科院及清华、北大、复旦等名牌高校的研究生。此外，物理系还承担了全校本科生的物理基础课程的教学任务，现有3门国家级精品课程（大学物理、大学物理实验、大学物理双语导论），1个国家级实验教学示范中心（物理实验中心），1个国家级教学创新团队，获得了国家级教学成果一等奖和二等奖各1项。
经过多年的发展，物理系已成为人才培养和科技创新并驾齐驱的研究型单位，是东南大学理科发展的主力军之一。
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