植物病理学科是山西农业大学最早招收硕士研究生的学科之一。1997年正式被批准为硕士学位授予点，2004被列为山西省重点建设学科。该硕士学位授权点目前有4个研究方向：植物萎焉性真菌病害的致病机理及综合防治、植物真菌病害及植病生理研究、植物病原菌的抗药性及防治策略和生物农药的开发和利用。开设的硕士学位课程主要有外语、高级植物病理学、植物病原真菌学、植物免疫学等。
该硕士点现有教授3人，副教授3人，讲师6人。有博士生导师3名，兼职导师7名。近十年来，共鉴定科研成果8项，获省级科技成果奖5项，主编或参编专著4部、教材15部，在国内外学术刊物上发表论文120多篇，其中SCI收录10余篇。目前在研的国家及省部级课题10项。
该硕士点拥有研究生专用研究室5个，重点实验室1个，专业实验室5个（普病实验室、农病实验室、果菜病实验室、无菌室、标本室）以及配套的玻璃温室、网室、计算机室、病圃等，实验室建筑面积近800 m2。实验配备有大量常规教学设备和数台先进的研究仪器，能满足研究生学习和研究的需要。
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