中国科学院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中国科学院在西北地区建立的第一个科研机构。1987年由中国科学院和水利部双重管理，1995年经国家批准确定现所名。1998年被中国科学院列入国家知识创新工程首批试点单位。1999年根据国务院文件参与共建“西北农林科技大学”。2001年中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”，作为知识创新工程试点单位继续纳入中国科学院研究机构序列。
水土保持研究所以黄土高原为重点，面向全国，针对水土流失区资源环境与可持续发展的重大理论与关键技术问题开展研究，为国家水土保持与生态建设宏观决策提供理论依据、配套技术和实体样板；形成了以水土保持为主导学科，以土壤学、生态学和农业工程学有关领域为支撑的总体学科框架；确立了在国家水土保持科技方面的中心地位，发挥了在水土保持科技发展方面的引领作用。
设有黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室、国家节水灌溉杨凌工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、流域生态与管理研究室、区域水土保持与环境研究室、林草生态研究室等6个研究单元。在黄土高原不同类型区建有安塞水土保持综合试验站、长武黄土高原农业生态试验站、固原生态试验站、神木侵蚀与环境试验站等野外站。建有人工模拟降雨大厅和人工干旱环境气候室等重要科研实验设施，形成了集应用基础研究、试验与示范、决策服务于一体的水土保持科研体系。
全所现有职工220人，其中中国科学院和中国工程院院士各1人，正高级职称50人。拥有土壤学、生态学、水土保持与荒漠化防治3个博、硕士学位授权点，设立农业资源综合利用博士后流动站。现有在学研究生130余人。
水土保持研究所以“团结、敬业、求实、创新”为所风，凝练出以“朴实厚重，无私奉献”为内涵的“黄土精神”，形成了良好的创新文化氛围，为创新跨越、持续发展奠定了良好的基础。
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