新疆农业大学动物科学学院前身是新疆八一农学院畜牧兽医系。1952年8月1日建校时招收畜牧专业专科生，1956年招收畜牧专业本科生，1984年成立新疆八一农学院畜牧系，1994年成立畜牧分院，2000年成立动物科学学院至今。

新疆农业大学动物科学学院现有动物科学、水产养殖两个专业，学制4年，授予农学学士学位。动物科学专业设有动物科技与生产管理、动物营养与饲料科学、动物生物工程、畜禽遗传与繁育(民语言)、宠物生产与经营等5个专业方向。设有3个专业实验室：动物营养实验室，分子遗传与胚胎工程实验室和动物生产实验室。实验室总建筑面积2270平方米，仪器设备总值1500多万元。1986年获得硕士学位授权点， 现有“动物遗传育种与繁殖”、“动物营养与饲料科学”和动物科学3个硕士研究生学位授予点。2000年获畜牧学博士后流动站“动物营养与饲料科学”是自治区重点学科。草食动物营养与饲料科学实验室是自治区重点实验室（培育），2008年，动物科学专业（含动物科学、动物营养与饲料、动物遗传育种、宠物生产与经营4个方向）被自治区人民政府列为全疆16个紧缺人才专业之一。学院教学实践基地被国家教育部批准为新疆首批“国家级基地”。