新疆大学数学与系统科学学院的前身是1952年新疆民族学院时成立的数理系。1962年成立了新疆大学数学系，2001年5月成立了新疆大学数学与系统科学学院。 

新疆大学数学与系统科学学院自1957年招收第一届本科生以来，在新疆数学界元老陈德璜教授、王曾贻教授的带领下，在张华孝、盛其荣、张知难等教授的共同努力下，新疆大学数学系全面进入了本科层次，建立了基础数学和计算数学的本科专业，并于1981年建立了基础数学硕士点。80年代初期至90年代中期，化学图论专家张福基教授开创了新疆大学的图论研究工作，同时开始了学科建设工作，并建立了应用数学硕士点。 1991年基础数学被确定为自治区首批重点学科，相继获得了和应用数学和计算数学硕士点。90年代中后期至今，孟吉翔教授和韩东教授坚持了学科建设的正确方向，建立了统计学本科专业，合并基础数学、应用数学建立了数学与应用数学本科专业；将计算数学发展为信息与计算科学本科专业。并在学科建设上有了重大的发展，建立了数学博士后流动站、应用数学博士点、应用数学国家级重点学科、运筹学与控制论硕士点、概率论与数理统计硕士点、应用数学国家第三批高等学校特色专业建设点、数学与应用数学国家级理科培养基地。 

新疆大学数学与系统科学学院现已拥有数学与应用数学、信息与计算科学、统计学三个本科专业，应用数学、基础数学、计算数学、运筹学与控制论、概率论与数理统计五个硕士点，应用数学博士点，数学学科博士后科研流动站，以及“数学与应用数学”国家人才培养理科基地。“应用数学”为国家级重点学科和新疆大学“211工程”重点学科，“数学与应用数学”是国家级优势特色学科。形成了可培养各民族本科、硕士、博士和博士后四个层次的数学专门人才的一条龙教育体系。

新疆大学数学与系统科学学院现有教职工120余人，其中博士生导师8人,硕士生导师26人，教授17人，副教授41人，有博士学位的教师40人。享受政府津贴专家1人，自治区有突出贡献优秀专家2人，自治区教学名师3人，百千万工程人才1人，新世纪优秀人才支持计划1人，天山学者2人。