计算机科学系于2001年成立挂靠在数学系，2002年独立建系，2006年更名为计算机科学与工程系，下设计算机体系结构、计算机软件与理论、计算机应用技术、信息管理技术等4个教研室和1个计算机教学实验室建设。
计算机科学与技术专业2000年招收首届本科生，2004年获得学士学位授予权，现按计算机科学与技术、计算机科学与技术（师范类）和计算机科学与技术（软件工程）3个方向招生，共有在校生1208名。信息管理与信息系统专业2005年招收首届本科生，现有在校生276名。2006年“计算机应用技术”增设为硕士学位授予点，2007年首次招生。

计算机科学与技术专业为校级特色专业，计算机教学实验室建设为校级实验教学示范中心，计算机软件与理论教学团队为校级教学团队，“离散数学”为省级精品课程、“数据结构”为校级精品课程。计算机应用技术为省级重点建设学科，并建有信息安全与计算机网络福建省高校重点实验室。

我系拥有一个省级重点学科、院级重点建设学科——计算机应用技术，该学科支撑我系本科专业：计算机科学与技术，计算机科学与技术（师范），信息管理与信息系统。