马克思主义学院为直属学校领导的独立教学科研二级机构，承担全校公共思想政治理论课教学和招收培养相关专业研究生等任务。2007年12月，原与人文社会科学学院合署的马列部正式更名马克思主义学院，2009年6月29日，经学校研究决定独立设置马克思主义学院（与公共政治理论课教学部合署）。其前身为1952年设立的福建农学院政治辅导室。
学院下设思想道德修养与法律基础教研室、中国近现代史纲要教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、马克思主义基本原理概论教研室、科技与社会教研室等5个教研室及邓小平理论研究中心等研究机构。现有1个省级重点学科（马克思主义中国化），2个硕士点（马克思主义中国化、思想政治教育），1个省级培训基地（《毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论》课福建省培训基地）。
学院承担全校本专科生《思想道德修养与法律基础》、《中国近现代史纲要》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《马克思主义原理概论》等4门思想政治理论课课程，以及硕士研究生、博士研究生的《自然辩证法》、《科学社会主义》、《马克思主义与现代科学技术革命》等3门课程的教学与研究工作。
学院现有教职工46人，其中教授3人，副教授、副研究员15人；有博士3人，在读博士3人，硕士24人、在读硕士3人。兼职教授5人。教师中有中央实施马克思主义理论研究和建设工程重点项目首席专家1人，享受国务院特殊津贴2人，全国优秀教师1人，省级教学名师1人，省优秀教师1人，省思想政治理论课优秀教师1人，省“三育人”先进个人1人，校级教学名师2人。现有硕士生89人。
学院现有1门国家级精品课程（《毛泽东思想邓小平理论与“三个代表”重要思想概论》）、2门省级精品课程（《马克思主义基本原理概论》、《思想道德修养与法律基础》）、1支国家级教学团队（《毛泽东思想邓小平理论与“三个代表”重要思想概论》教学团队）、1支校级教学团队（《思想道德修养与法律基础》教学团队）。教学成果《中国特色社会主义理论体系“三进”教学模式研究》获省高等教育教学成果特等奖，该成果同时获国家高等教育教学成果二等奖。
目前主持科研项目68项，其中国家社科基金项目1项，国家社科基金青年项目1项，国家社科合作项目1项，省社会科学规划重大项目2项，省级17项，厅级24项，市级2项。获国家纪委优秀论文1项，省级社科一等奖3项、二等奖1项，省政府奖1项。
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