土木工程学院的前身为土木建筑工程系，成立于1959年。1998年8月，福州大学以土木建筑工程系为主成立土木建筑工程学院，2006年5月分设建筑学院后，更名为土木工程学院。
历经50多年的建设，特别是近10多年来，土木工程学院的各项事业得到了高速的发展。学院现设有建筑工程系、道路与桥梁工程系、水利水电与港口工程系、市政工程系、交通运输工程系、工程管理系、轨道与地下工程系等7个系，设有土木工程、水利水电工程、交通工程、给水排水工程、工程管理等5个本科专业，其中土木工程为国家特色专业。设有结构工程研究所、桥梁与隧道工程研究所、岩土工程研究所、防灾减灾工程研究所、福建省海峡两岸土木工程防震减灾工程研究中心等科研机构。现有土木工程一级学科博士点和博士后流动站，有结构工程等7个二级学科博士点，现有土木工程、水利工程一级学科硕士点，有结构工程等12个二级学科硕士点。每年招收本科生490名左右，硕士生130名左右，博士生15名左右，工程硕士生和教育硕士生60多名。
学院现有〝结构工程〞国家重点（培育）学科、〝土木工程新技术与防灾减灾〞〝211工程〞国家重点学科建设项目，以及〝结构工程〞、〝桥梁与隧道工程〞和〝岩土工程〞等3个福建省重点学科。学院工程结构实验室为福建省高校重点实验室，土木工程实验中心为国家实验教学示范中心。
学院现有教职工169名，其中专任教师128名，教授29名，副教授48名，具有博士学位的教师72名，硕士学位的教师50名。现有教师中有国家国外专家千人计划1人，有国家百千万人才1人，享受国务院特贴专家3人，教育部新世纪百千万人才1人，闽江学者2人，福建省新世纪百千万人才6人，福建省杰青2人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划8人。学院还聘有双聘院士1名，兼职教授26名、副教授4名。
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