主任：李旭祥
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环境科学与技术系于2006年4月成立，目前正在建设阶段。中国科学院安芷生院士和中国工程院孙九林院士为该学科双聘院士。根据西安交通大学与中国科学院地球环境研究所签署的合作协议，该所5名研究员（2名杰出青年基金获得者）已经聘为该系实质性兼职教授，将承担部分课程的教学以及研究生培养工作。
环境科学与技术系依托于2个研究平台，发展具有西部特色的环境科学，分别是城市气候与人居环境研究中心”、“西安加速器质谱中心”。由教育部、科学院以及科技部联合资助的国家大型科学仪器平台“西安加速器质谱中心”位于西安交通大学国家大学科技园，已经投入运行。上述中心的成立及运行为发展环境科学与技术学科提供条件，其基础是本科生的培养。
本学科旨在围绕人居环境科学这一综合性的学科需要，发展具有人居环境科学研究特色的环境科学专业及学科。主要研究环境科学与管理的基本理论与知识，掌握环境污染控制与生物治理的基本知识、环境监测与环境质量评价的方法、以及环境规划或管理的基本技能。旨在培养德、智、体全面发展，具有扎实的数理化、计算机及外语基础，具备环境科学的基本理论、基本知识和基本技术，能在科研机构、高等学校、企事业单位及行政部门等从事科研、教学、环境保护和环境管理等工作的高级专门人才。主干学科为环境科学，相关学科包括环境工程，环境化学，化学工程，生物工程，土木工程。开设的主要课程有环境科学导论，环境化学，环境生物化学，环境微生物学，环境规划与管理，环境质量评价，环境系统监测，环境工程设计等。在学习期间还有化学实验、大气污染控制实验、水污染控制实验、化工原理试验、环境监测综合实验、专业综合实验、课程设计、金工实习、生产实习、毕业设计（论文）等大量的科研、实践环节。
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