陕西省天然药物研究与工程重点实验室组建于2003年1月，同年被批准为国家中医药管理局中药分析实验室（三级），为药物分析硕士点和博士点学科。重点实验室下设：中药分析研究室、分子生物学研究室、制剂工程研究室、药物合成研究室、新药临床研究室和药物信息研究室。实验室以创新药物研究、开发与高级药学人才培养为主要任务，为建设具有中国特色的、国际性的高水平天然药物研究与开发机构而努力。
目前，实验室有教授2名，兼职教授2名，副教授3名，讲师6名；已毕业研究生82名，博士研究生17名，目前在读博士研究生12名，硕士研究生32名，实验管理与技术人员3名，研究与管理队伍共计60余人。该实验室注重国际间的交流与合作，定期邀请日本大板大学、日本武库川女子大学等外籍专家讲学，与清华大学生命科学院、北京大学药学院、中国医学科学院药物所、山东大学药学院、天津药物研究所等均有合作和交流，并与国内《药物分析杂志》、《中国药学杂志》、《药学学报》编辑部等保持良好的合作关系。
近年来，先后承担国家自然科学基金重点项目、科技部“十一五”支撑计划、重大新药创制专项以及教育部新世纪人才基金以及陕西省、西安市重大技术创新项目20余项；获陕西省科学技术一等奖2项、二等奖1项，主持2个国家中药新药的临床研究工作，申报国家发明专利20项，授权12项；主编全国高等学校“十一五”规划教材《工业药物分析》、《法医毒物分析》和《分析化学》，参编《药学概论》、《药物化学》、《基础药理学》等教材多部；发表论文200多篇。2006年，该实验室与日本岛津公司合作成立了“西安交通大学-岛津分析测试中心”，拥有先进的分析仪器设备，主要包括：Shimadzu 20A液相色谱-质谱联用仪、Shimadzu 2010气相色谱-质谱联用仪、Shimadzu 20A新型液相色谱仪 5件套（5种不同检测器）、Shimadzu 2010液相色谱仪、Shimadzu 6A半制备液相色谱、Shimadzu 8A大型制备液相色谱、Beckman目标蛋白快速分离制备系统（美国）、Agilent毛细管电泳（美国）等，以及新药研究中试设备包括：CO2超临界萃取装置、制粒机、单冲压片机、颗粒包装机和铝塑包装机等等。
该实验室坚持“产、学、研”一体发展模式，实行“开放、流动、合作”的管理机制，为校内外的院系单位、研究机构、制药企业等提供能充分发挥其创造性的研究平台。
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