敦煌学是国际性显学，甘肃是敦煌学的“故里”，西北师大是我国最早从事敦煌学研究、最早培养敦煌学人才的高校之一，为敦煌学的建立和发展作出过突出贡献。20世纪80年代初，沐浴着改革开放的春风，西北师大又聚集一批骨干力量，专门组建敦煌学研究所，集中从事此方面的研究和教学。1996年获得历史文献学（敦煌学）硕士学位授权点，2003年又与本校历史系等合作，获得专门史（西北史）博士学位点。本所为中国敦煌吐鲁番学会的发起单位，现已成为在国内外颇负影响的敦煌学专业研究机构。
本学科现有专职研究员、教授等正高职人员3人、副教授2人、中初职人员4人。其中博士3人，在读博士2人，硕士4人；国家“百千万人才工程”一、二层次人选1人、省部级学术带头人 2人。学术梯队学历层次较高，知识结构和年龄结构合理，所内学术空气活跃，整体实力较强。
主要研究领域以敦煌文献的研究为主线，尤其是在敦煌社会经济文书、敦煌河西史地、古代西北开发、隋唐五代典章制度研究等方面优势突出，在学术界居有重要地位。同时在敦煌法律文书、敦煌文学、隋唐五代经济史、敦煌佛教、藏传佛教、敦煌科技、敦煌美术等方面亦有建树。
近年来，本所共承担国家社科基金项目 3项、国家教委“八五”、“九五”规划、重点规划项目和优秀青年专项基金项目3项，并参研国家重点项目4项；又承担省内有关项目和西北师大科技创新工程项目等共计12项。出版学术专著20余部，主要有《河西走廊历史地理》、《敦煌文书与唐史研究》、《河陇史地考述》、《俄藏敦煌汉文写卷叙录》（中译本）、《瓜沙史地研究》、《敦煌学述论》、《敦煌历史文化》、《大漠中的历史丰碑》、《宋史论略》等，并主持完成《中华大典·隋唐五代分典·中唐文学部》、主编《中国敦煌学百年文库·地理卷》、《全唐文补遗·敦煌文献卷》等大型文献。在《历史研究》、《考古》、《中国史研究》、《地理学报》、《地理研究》、《地理科学》、《中国经济史研究》、《历史地理》、《中国边疆史地研究》、《中国科技史料》、《中国农史》、《敦煌研究》、《敦煌学辑刊》、《敦煌吐鲁番研究》、《古籍整理研究学刊》、《北京图书馆馆刊》以及台港、国外的学术刊物上发表论文300余篇，受到学术界好评，产生重要影响。
近年来荣获甘肃省社会科学奖7项，荣获省教委社科优秀成果一、二等奖12项，荣获西部九省区优秀图书特等奖以及省级优秀图书奖4项，荣获其他奖励6项。
本所十分重视研究生的培养，设有敦煌学和敦煌文书等培养方向。自1994年以来，共招收硕士生24名，博士生1名，已毕业硕士12名，在毕业的硕士中有10 名考取重点大学的博士生，2名分配到高校工作。研究生在校期间，人均发表学术论文3篇，其中一些论文发表在《民族研究》、《中国边疆史地研究》、《敦煌研究》、《中国经济史研究》、（台）《敦煌学》等核心刊物上。十分欢迎国内外有志学习者来所攻读学位或短期学习。
本所与国内外同行有着广泛的联系和交流，对外合作的条件和能力较强。经常邀请国内外知名敦煌学等专家来校讲学、访学，并年年派人外出参加敦煌学国际、全国性会议或访学、考察，并应邀赴日本、韩国等国访问、讲演，从而有力地促进了学术发展。
本所还发挥人才智力方面的优势，积极为社会服务，为国家的经济文化建设服务。本所有3名教授、研究员分别被被西北地区30 多个县市聘为县志编写顾问或旅游经济发展顾问，为地方经济文化的发展做出积极贡献。
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