皖南医学院基础部成立于1986年，目前拥有15个教研室（解剖、组胚、生理、生化、病理、病生、微生物、寄生虫、药理、生物、体育、外语、物理、化学、计算机）、2个学生实验教学中心（机能学实验中心、形态学实验中心）、6个研究机构（定量药理研究所、蛇毒蛇伤研究所、医学遗传研究室、医学蜱螨研究所、优生优育研究室、发育生物学研究室）、4个硕士学位授予点（药理学、病理学与病理生理学、病原生物学、生理学）、6个省精品课程（病理生理学、医学免疫学、医学微生物学、药理学、人体解剖学、人体寄生虫学）、1个国家中医药管理局三级实验室（中药药理实验室）、2个省实验教学示范中心（机能实验中心、病原生物学实验教学示范中心）。现有教职工266人（专任教师 235人，实验技术人员29人，行政人员2人），其中教授、副教授68人，讲师126人；具有博士学位者14人，硕士学位114人，硕士以上学历者占教师总数54.5 %。是我院最大的教学单位，承担着全院各专业层次（包括硕士、本科生和成人教育本专科生）的基础医学和公共学科教学任务，年教学学时达8万学时以上。
20多年来，基础部在学院党政领导的关心和支持下，坚持以教学为中心，建立健全各项教学管理制度，严谨治学、注意提高教学质量，不断深化教学改革，加强教材和教学研究，在教学、科研、学科建设、人才培养、精神文明建设等各方面都取得了很大成就。我们将紧紧围绕培养高层次的医药卫生事业人才这一根本任务，继续依靠广大教职工艰苦创业，勇于改革，锐意进取，为皖医的建设和发展再创辉煌
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