中医基础理论学科是研究中医学基本概念、基本理论、基本方法的一门基础性学科，在推动中医学术发展中起着举足轻重的作用。本学科点是国家第一批中医学硕士、博士学位授权点，首批中医学博士后科研流动站学科点；是国家“211工程”重点建设学科，教育部理科基地主建单位，1993年被批准为国家中医药管理局重点建设学科2001年成为国家教育部重点建设学科。
　　
　　本学科点在王玉川、程士德、王洪图教授的带领下，为中医教育事业的发展奠定了基础，是历版《内经》教材和3~5版《中医基础理论》教材的主编单位，中国中医药学会内经专业委员会主任单位和中医基础理论专业委员会副主任单位。同时围绕中医基础理论的核心内容和前沿领域，形成了四个稳定的研究方向。（1）中医基础理论内涵和学术思想体系研究。（2）脏腑与神志项关的五脏藏神理论的研究。（3）脏腑与外环境相关的四时五脏阴阳理论的研究。（4）中医体质学说基础理论研究。建立了具有鲜明中医特色的中医藏象实验室；建立了能够完成信息数据评价、利用、挖掘的信息研究室，已开发出具有自主知识产权的中医药基础数据库系统，并通过了教育部鉴定；成立了充分体现中医人文社会科学特点的中医文化研究中心。共承担国家自然科学基金课题7项，省部级课题26项；近5年获国家和省部级科技进步奖12项，获国家发明专利3项；发表论文400余篇，出版学术著作50余部，《黄帝内经研究大成》曾获全国优秀科技图书奖暨科技进步（科技著作）一等奖。并主持了历届内经国内、国际学术研讨会，有25人赴国外进行学术讲座，起到了学术辐射作用。
　　
　　本学科点现有教授12名，副教授13名，博士生导师6名，中青年教师全部具有研究生学历，具有博士学位者占80%.6人被评为全国及北京市先进教师，5名青年学者成为北京市青年骨干教师，形成了结构合理、具有较高学术水平的师资队伍。已培养硕士40名，博士20名，出站博士后2名，成为该学科创新性人才的孵化基地，为中医基础理论学科的发展做出了应有贡献。