2003年5月，黑龙江大学决定合并高等教育研究所（1988年建立）和应用心理研究所（2001年建立），成立教育学院。2009年3月，黑龙江大学为全面提升教育学教学质量和科研创新能力，加快推进教育学科建设发展，在教育学院基础上整合校内相关资源，成立教育科学研究院。该研究院为集科研、教学、社会服务为一体的科研教学机构，主要职能包括开展教育科学研究和教育学科建设、开展本科生和研究生教育、进行学校教育科研项目管理、编辑出版《黑龙江教育》（高教研究与评估版）等。
研究院设有教育学、应用心理学两个本科专业,高等教育学、教育经济与管理两个科学硕士学位点和教育专业硕士学位点。学院于2003年起招收本科生，2004年开始招收硕士研究生，目前本科和硕士在校生450人。
研究院共有43人。拥有一支结构合理、业务精良、师德高尚的专任教师队伍，其中教授5人，副教授5人，博士与在读博士13人，出站博士后2人，在站博士后2人。
研究院不仅把本科教学工作放在中心地位，还十分重视科研与教学相结合。十五以来，学院教师在国内外学术期刊公开发表科研论文200余篇，主持、参与科研、教改项目60余项，出版高水平学术专著多部。
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